NeFut Logo NeFut
EN 管理员登录

[AI学术] Fraglingo:基于附件感知的自回归片段生成的分子设计

发布于:2026-09-15 22:00 最后更新:2026-09-16 00:22
#AI #Machine Learning #optimization

分子设计的核心在于让生成过程贴合化学家实际的编辑方式——扩展骨架、替换取代基或在指定的连接位点进行装饰,同时优化分子属性。基于片段的设计天然符合这种工作流,但现有方法通常将片段选择与连接预测分离:先从固定词表中挑选片段,再预测其连接方式。这导致生成受限于封闭的片段词表,且连接被视为独立的预测任务。

Fraglingo 提出了一种自回归的片段生成框架,直接在连续潜在空间中联合建模片段身份和连接信息。模型输出一个“附件感知”的片段嵌入,并通过在潜在空间进行最近邻搜索来检索下一个片段。为捕获活跃连接位点的上下文,作者设计了通配符锚定的读出层(wildcard‑anchored readout),从该位点的视角对当前分子进行表征,使得嵌入同时包含分子环境和所需的连接方式。

由于生成基于连续嵌入而非离散片段标识,推理阶段可以在不重新训练的前提下向词表中加入新片段,只要能够用已训练的片段编码器计算其嵌入。该检索式设计统一了分子整体生成、骨架生成、骨架装饰以及属性优化等任务。

在受控属性条件的基准测试中,Fraglingo 相比同等规模的基线模型实现了更强的属性联合控制,同时在有效性、唯一性和新颖性上保持竞争力。更重要的是,模型能够无缝扩展到比训练时使用的片段库大四倍的库,而无需重新训练。

点评

原文链接: https://arxiv.org/abs/2609.13519

[h] 返回首页