AlphaFold 3 风格的共折叠模型能够以高结构精度预测生物分子复合体，但其输出中常出现物理无效的情况，例如链在界面处相互重叠、配体键长和键角失真、环结构不平面以及手性中心翻转。现有方法要么在采样阶段加入物理约束势能，这会显著增加采样时间和显存开销，使得在大规模复合体上推断几乎不可行，要么对模型进行微调，既耗时又只能针对特定架构。我们注意到，物理有效性可以在推断时直接从采样器已有的量化信息中验证。因此我们将其视为约束推断问题，并提出两种闭式投影算子，作用于扩散模型的去噪坐标估计 $\hat{x}_0$：
- 链间范德华投影：针对冲突最严重的原子对施加排斥，使其分离；
- 配体距离几何投影：恢复键长、键角、内部接触、平面性和手性。两者均为局部、稀疏且位移受限的操作，无需网络前向、梯度或重要性采样，且不改变去噪网络及其权重，因而可以直接嵌入任何 AF3 风格的采样器而无需重新训练。
我们在两套独立开发的模型——Boltz‑2 与 OpenFold‑3——上进行实验，覆盖五个基准（CASP15、CASP16、PoseBusters 单体与复合体集合、以及 Boltz 物理有效性测试集）。结果显示，在几乎不增加运行时间和显存的前提下，方法能够恢复完美的物理有效性，同时保持结构精度和配体放置指标不变。该方案提供了一条实用、模型无关的路径，实现全原子结构预测的物理有效性。
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