PIDiff 是一种物理化学增强的多模态扩散框架，用于蛋白质‑蛋白质复合体设计。它通过在离散序列空间和连续 SE(3) 结构流形上同步扩散，实现目标条件下的序列与结构联合生成。核心模块 PIFormer 交替使用几何感知的 invariant point attention 和全局序列自注意力，以捕获空间和序列信息的相互作用。我们构建了 PIBench 数据集，收录自 PDB 的多样化目标支架，并在其上进行预训练。随后在两类治疗相关任务——小分子结合体（minibinder）设计和抗体设计——上进行微调。实验表明，PIDiff 在序列设计成功率、结构结合能以及序列‑结构共设计性方面均显著优于现有基线。
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